《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，精品人类正式开始进出宇宙2世纪，精品但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查，发现是由人类未知的技术制造的物体，这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果，表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此，人型机动兵器：Personal Trooper的研究开始了。
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回复 :三年前，勇者西昂·布雷德利用圣剑之力将地狱之门封印，人与恶魔的战斗得以结束。但由于封印并不完整，一段时间后，地狱之门再次开启，世界各地的恶魔直到现在还不断地涌现并袭击人类。在地狱之门开启三个月后的某一天，平凡好色的农夫少年托卡·斯考特自制的陷阱居然意外杀害了勇者西昂。为了湮灭证据，他埋葬了勇者西昂的尸体，但隔天早上托卡成了勇者西昂的外貌。原来是勇者的原伙伴尸术师安莉·海因兹沃斯将托卡的精神用尸术转移到勇者的体内。而后，受到威胁的托卡代替勇者西昂，与青梅竹马优娜一起踏上了封印地狱之门的冒险旅途！
回复 :在一次交通事故中，小林哲平（寺岛拓笃 配音）永远失去了双亲，这时，外祖父有马一心（若本规夫 配音）出现在了哲平的面前，他希望哲平能够成为他的继承人，继承庞大的有马集团。为了成为一个有担当的男人，也为了替父母报仇，哲平搬进豪宅，入驻贵族学院秀峰学园，发誓要成为一个大家都能看得起的上流社会精英。在祖父家，哲平结识了骑士后裔西尔维娅（丰口惠美 配音），她果断飒爽的个性吸引了哲平的注意。与此同时，大小姐凤条院圣华（加藤英美里 配音），女佣藤仓优（松冈由贵 配音）也相继出现在了哲平身边。在学院中，哲平与曾经一见钟情的公主夏洛特（柚木凉香 配音）相遇了，这意外的重逢更是为哲平的生活添上了浓墨重彩的一笔。
