位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，日韩其中约8成是学生的这座都市中，日韩实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
回复 :鸨羽舞衣与弟弟巧海在摇摆的邮轮上等待到案，他们的目的地是名为“风华学园”的高等学校。父母双亡的舞衣意外获得了风华学院的奖学金，决定与弟弟一起转到这所学校。大海航行之中，舞衣突然发现大海上漂流的一名少女。这名抱着大剑的少女名叫美袋命，舞衣将她救上船。随后，船上又出现一名名叫玖我夏树的神秘长发女子。夏树见到命之后立即要取对方性命，并召唤出机械兽参加战斗！舞衣被眼前发生的情景震惊，但此时，她的超能力也觉醒！原来舞衣也是拥有“HiME力量”的超能力者。战斗过后，舞衣与弟弟巧海继续向风华学园前进，却不知道，那里等待他们的，是HiME力量的秘密与宿命的束缚。
回复 :在实验室里工作的涅被像镰刀一样的东西袭击，身体产生了异变。涅突然像疯了似的，没有缘由地乱敲试验装置的操作盘。於是，一瞬间瀞灵廷被灵子云所覆盖，死神们都准备去联络涅。当剑八冲进涅的实验室时，发生了巨大的灵子爆炸。 然后，瀞灵廷被破坏了。露琪亚惊愕地在远处发现了瀞灵廷被破坏，在她面前出现了某个影子。那个影子向露琪亚斩下镰刀，露琪亚的身体（心）之中像是有什麼东西消失了……同时，现世中感觉到异变的一护去找浦原。一护从浦原那裏听到了「瀞灵廷被破坏」的消息，便和魂一同去尸魂界。在崩坏的净灵廷中等待著一护的，是消除了和一护相关记忆的恋次等人。不仅仅是一护的事情，连露琪亚的事情都消失了。在死神面前虚化的一护，被当成了破坏净灵廷的犯人追杀……。尸魂界里到底发生了什麼？谜之两个黑影的真实身份是？露琪亚去了哪里？一护孤独的战斗开始了……。
回复 :面对生活的诸多不顺的大雄，开始抱怨起现实世界为什么没有魔法。一天，大雄（小原乃梨子 配音）发现了一个哆啦A梦（大山信代 配音）的石像，正打算找出石像的来源，但渴望拥有魔法的大雄，突发奇想到了“如果电话亭”来实现自己的梦想。现实对大雄来说总是很残酷，大雄并没因此而拥有强大的魔力，而且拥有魔毯是一件和奢侈的事情，而大雄家是支付不起的。另外，在这里，科学被视为迷信。著名的魔法研究者满月博士（中村正 配音）告知大家一个可怕的消息：魔界星不过多久便会完全接近地球。大雄想变回现实世界，但是“如果电话亭”早己被妈妈处理掉了。满月博士解读古文书后被捉走，逃亡的美夜子（小山茉美 配音）找到了大雄等人并得到他们的支持，大家一起出发至魔界星，解救博士……本片是哆啦A梦剧场版系类第一次用电脑图形CG绘画。
