某天，尤利柯南因感冒在家休息，尤利期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过去的10年里不断服用解毒药导致产生抗药性，最近5年已无法变会原有状态。失落的柯南无奈看着周遭的转变，更让他倍受打击的是，小兰决定放弃杳无音讯的新一而嫁给新出老师。他们的恋情亦梦以幻，何以为终……
回复 :炎部落一战之后，延羽、嘉静、凌义、基洛、希阳五人回到金波城，这时却突然收到土元素城市——沙砾市受到邪灵组织入侵的消息，五人立刻赶往沙砾市，却发现这里出现了五个冒充机甲五勇士的人，原来这些人冒充延羽五人是为了从沙砾市酋长口中得出沙砾市能源石——灵土矿石的位置。最后在延羽五人的努力之下，终于揭发了假五人组的身份，与此同时，却让邪灵得知了灵土矿石散落在地下的秘密！
回复 :知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。
回复 :在星猫和黑魔王手下的那一场宇宙激战中，宇宙飞船星猫号上的时间机器产生了故障，黑魔王的手下，被传送到500年前，而星猫被传送到了500年后。在星猫消失的1000年中，黑魔王的手下们已经成功地救出了黑魔王，并且用美食的力量，控制了12星座族，而星猫则从历史上完全消失了。星猫为了找回宇宙飞船。星猫必须在中国学习的功夫和中华美食技巧，在卷毛等人的帮助下，战胜一个个昔日的同伴，拯救星猫和12星座族，将历史重新拉入轨道。
