东京、极道大阪、极道京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
回复 :导游事业屡屡不顺的光头强偶然捡回丢失的缩小手电筒，为吸引游客他建造了一个微观乐园。正当他带着缩小后的两熊去体验微观乐园时突遇暴风雨，缩小手电筒意外丢失了……
回复 :风景如画的清河镇边上已经不知道什么时候来了一只猫，和他一起的还有一只牡羊，他和猫都一样失去了记忆，这只猫身上似乎有着神秘的诅咒，所有靠近他们的人都会受到诅咒，这只猫却又努力的想要与村人接近，但因为诅咒，所有的村人都避开他在漫长的日子中，星猫和牡羊卷毛不断地回忆自己的过往，就这样渡过了很长的时间，直到有一天他们接近村子附近的一座古塔，遭遇到了小黑怪手下的绑架并得知了他们的身世之谜，自此展开了他们的冒险旅行…
回复 :奥京都から逃げてきた鈴木凛（小鉄）は、かつて兄のいた東京の探偵事務所の所長、久遠美保のもとに身を寄せる。一方、裏社会で傀儡師として有名な御門竜也は、久遠美保殺害の依頼を受ける。そのためには小鉄が障害になると考えた竜也は、小鉄を狙う。だが、何度か対決して行くうちに、2人は徐々に意識しあう仲になってしまう。やがて、依頼人が自殺したことにより、竜也は小鉄を狙う理由はなくなった。以後竜也は小鉄の味方になるとともに、2人の仲も次第に深まる。そんな中、東西に分かれた裏社会のうち、竜也たちの属する東側に、西側の人間である影鰐が入りこんでくる。これがきっかけで東西の裏社会どうしで騒動が起き、小鉄たちもその中に巻き込まれていく。様々な難敵との闘いや出来事の末、裏社会の騒動は東側の勝利に終わった。
